由于水龟长期生活在水中，那么它们的身上难免会处于潮湿的状态，而这种环境往往是真菌最适合的生存环境，所以有很多水龟往往会因此而感染上真菌问题。水龟背甲真菌感染并不是什么小问题，如果时间一久很可能就会扩散至全身，所以要引起足够的重视。
龟龟真菌感染也是水龟常见的疾病之一，首先要学会如何鉴别水龟背甲真菌感染：从外观上看，可能导致龟龟的皮肤变灰或是变白，真菌感染足以致命。真菌可以像藤蔓一样蔓延至龟龟全身。发现真菌感染的个体需要被迅速转移出水同时确保龟龟不致脱水。真菌的生长需要湿润的环境，所以只有保证龟龟的皮肤干燥，其上感染的真菌才会死亡。
但这需要花费很长的时间，所以建议使用盐酸特比萘芬软膏（或者百多邦）进行治疗。盐酸特比萘芬软膏是抗真菌感染十分有效的非处方药，这种药膏可以使真菌感染的皮肤表层脱落，进而导致真菌的脱落，尽可能每天涂抹一到两次。将龟龟置于玻璃容器中，底部铺设干的纸巾，保证环境温度大约在二十六七度，放入龟龟之前，在真菌可能存在的地方充分均匀涂抹盐酸特比萘芬软膏，然后将龟龟置于其中。在此治疗过程中，每天将龟龟的头部浸入水中五分钟左右以使其补水，确保不要用加热灯照射龟龟，因为龟龟置于干燥的纸巾之上，有很高的脱水致死性。
真菌感染毫无疑问来是由于饲养不当所致，饲主平日应当对饲养环境勤加打扫，保证水质清洁，同时水龟的饲养环境中势必提供一处晒背地点，让龟龟可以干身，确保将真菌感染扼杀于襁褓。
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